Die schnelle Ausbreitung der hochinfektiösen Delta-Variante unterstreicht die Notwendigkeit einer schnelleren Identifizierung von COVID-19-Mutationen. Das Global Pathogen Analysis System (GPAS) der Universität Oxford und von Oracle, das Regierungen und medizinische Gemeinschaften in dieser Herausforderung vereint, wird nun von Organisationen auf fast allen Kontinenten genutzt. Zu den Einrichtungen, die die Plattform nutzen, gehören: das University of Montreal Hospital Centre Research Centre, das Institute of Public Health Research of Chile, die Oxford University Clinical Research Unit in Vietnam, das Institute of Clinical Pathology and Medical Research – New South Wales Pathology und Oxford Nanopore Technologies. GPAS ist jetzt auch Teil der Public Health England New Variant Assessment Platform.
Das Global Pathogen Analysis System wird als kostenlose Ressource zur Verfügung gestellt, um den Kampf gegen COVID-19 und andere mikrobielle Gesundheitsbedrohungen zu unterstützen. Nehmen Sie an dem Programm teil und erfahren Sie mehr unter: www.gpas.cloud
Das Global Pathogen Analysis System wurde auf der Grundlage von Oxfords Scalable Pathogen Pipeline Platform (SP3), Oracle APEX und Oracle Cloud Infrastructure (OCI) entwickelt und ist eine Cloud-Plattform, die ein einheitliches, standardisiertes System zur Analyse und zum Vergleich der annotierten genomischen Sequenzdaten von SARS-CoV-2 bietet. Die Forscher nutzen das System, um Erregerdaten hochzuladen und innerhalb von Minuten umfassende Ergebnisse zu erhalten. Mit der Erlaubnis des Benutzers können die Ergebnisse in einer sicheren Umgebung mit teilnehmenden Labors auf der ganzen Welt geteilt werden. Die Verständlichkeit und gemeinsame Nutzung dieser Daten wird den Gesundheitsbehörden bei der Bewertung und Planung ihrer Maßnahmen helfen, da sie wertvolle Erkenntnisse über neu auftretende Varianten erhalten, noch bevor diese offiziell als besorgniserregende Varianten eingestuft werden.
Vereint die globale Forschungsgemeinschaft in einer gemeinsamen Mission
“GPAS ist der weltweit erste auf Industriestandards basierende Dienst, der einen standardisierten Sequenzdatenanalysedienst für Nutzer in der Cloud anbietet”, sagte Derrick Crook, Professor für Mikrobiologie am Nuffield Department of Medicine der Universität Oxford. “Die Nutzer können auf ihre Sequenzdaten zugreifen, sie hochladen und verarbeiten und erhalten die vollständig analysierten Daten innerhalb von 20 Minuten nach dem erfolgreichen Hochladen zurück. Wenn sie sich für die gemeinsame Nutzung der Daten entscheiden, tragen sie zu elektronischen Dashboard-Visualisierungen der globalen Daten bei, die die täglichen Veränderungen im Verlauf der Pandemie und die Veränderungen des Virus aufzeigen. Dies wird eine kontinuierliche Bewertung der Pandemie ermöglichen und dazu beitragen, dass nationale und globale Maßnahmen zur Eindämmung der Auswirkungen des Virus ergriffen werden können.”
“COVID-19 ist ein globaler Kampf, aber den Forschern fehlte bisher die technische Infrastruktur, um die Rohsequenzen schnell und sicher zu verarbeiten und die Ergebnisse weltweit auszutauschen”, so Larry Ellison, Chairman und CTO von Oracle. “Mit GPAS nutzen wir die Leistungsfähigkeit und Sicherheit der Cloud, damit jeder Forscher an jedem Ort Teil der Lösung werden kann. Je mehr Daten medizinische Einrichtungen, Regierungen und Akademiker zur Verfügung stellen, desto schneller können wir das Coronavirus verstehen und handeln, um ihm zuvorzukommen.”
Mithilfe der Plattform können Forscher und Regierungen schnell auf aktuelle, relevante Daten zugreifen, die sie für aktuelle wissenschaftliche Analysen und fundierte politische und sicherheitstechnische Entscheidungen über neue Varianten benötigen. Im Rahmen ihrer Arbeit mit dem Global Health Security Consortium (GHSC) haben das Lawrence J. Ellison Institute for Transformative Medicine (Ellison Institute) und das Tony Blair Institute (TBI) for Global Change in Abstimmung mit Oxford und Oracle daran gearbeitet, die Entwicklung der Plattform zu unterstützen und sie in die Hände von Forschern weltweit zu bringen.
“Die mangelnde Vorbereitung der Welt auf die COVID-19-Pandemie hat deutlich gemacht, dass wir anders arbeiten müssen, um Lösungen zu finden, die pragmatisch sind und angesichts der Herausforderungen skaliert werden können”, sagte Dr. David B. Agus, GHSC-Mitglied und CEO des Ellison Institute. “GPAS ist ein wichtiger Baustein in der globalen Dateninfrastruktur für Frühwarnsysteme und die globale Überwachung.”
“Wir wissen nur zu gut, dass Viren keine Grenzen respektieren, weshalb wir einen globalen, zielstrebigen Ansatz verfolgen müssen, um diese Pandemie einzudämmen”, sagte Tony Blair, Executive Chairman des TBI und ehemaliger britischer Premierminister. “Diese Plattform verspricht, Daten viel schneller zusammenzuführen und uns dabei zu helfen, die Ausbreitungsmuster besser zu verstehen und ihnen schneller zuvorzukommen, damit die Regierungen bessere politische Entscheidungen treffen und die verheerenden Auswirkungen dieses Virus in ihren eigenen Ländern und auf der ganzen Welt eindämmen können.”
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